El conflicto viene dado y protagonizado por el Ayuntamiento e Iglesia desde el 2 de marzo de 2006 debido a que esta última se atribuyó la Mezquita Catedral por solamente 30 euros, sin tener ningún tipo de escrito de dominio propio, acogiéndose a la Ley Hipotecaria y eliminando la palabra "mezquita" del propio nombre.
Esta disputa resurgió de sus cenizas tras unas declaraciones de la por aquel entonces presidenta de la Junta de Andalucía, Susana Díaz, en 2014. Esta replicó que el dominio de la Mezquita-Catedral debe ser “de titularidad pública y que debe ser gestionada por la Iglesia siempre que no se elimine la palabra ‘mezquita’”.
Ante esta comparecencia, respondió el Cabildo de Córdoba días después de lo sucedido: “La propiedad del monumento pertenece a la Iglesia como bien demostró el Ministerio de Hacienda en el pasado mes de abril. Por lo que animo al Ejecutivo andaluz a respetar las leyes”.
Mientras tanto, la Plataforma Mezquita Catedral comunicaba que el derecho a la titularidad de dicho monumento debía de residir en la ciudadanía ya que podría correr peligro su declaración como Patrimonio Inmaterial de la Humanidad ante la Unesco.
Tiempo más tarde, los historiadores se pusieron a trabajar y sacaron un comunicado tras un análisis exhaustivo. En la mañana del 15 de septiembre de 2018, los profesionales sacaron a la luz que la Iglesia Católica “no puede tener título de propiedad alguno de la Mezquita-Catedral del Córdoba”. Estos aclaran que dicha titularidad siempre ha estado ligada al Estado y subrayan el interés que los cordobeses tienen ante un monumento que consideran de propiedad pública.
A la par que el estudio de los historiadores, la actual Junta de Andalucía contradecía a los profesionales. El gobierno andaluz reconocía la titularidad eclesiástica del monumento ya que su principal uso es religioso (tras varias protestas de Jesús Maeztu venidas de la antes citada, Plataforma Mezquita-Catedral).
Estas contradicciones vienen dadas porque no hay plan director reconocido. Es el único monumento de estas características que no tiene por lo que las dudas se siembran cada vez que sale este tema. Actualmente, parece que el Cabildo puede presentar un nuevo plan en el que se quede clara la titulación eclesiástica, pero, por el momento, parece que este asunto no se va a solucionar. ¿Quién se quedará con la titularidad de la Mezquita-Catedral?
